Considéré comme « un livre d'une autre galaxie », de part son langage méconnu, et ses illustrations de plantes et scènes étrangères à la terre, il a commencé à être déchiffré selon des techniques médiévales.
Certains chercheurs de l'occulte, tels l'écrivain Jacques Bergier, le classent dans les « grands textes défendus ».
Ce livre à été escamoté à la lecture publique, par une confrérie aussi ancienne que la civilisation, laquelle interdit la diffusion en grand nombre de ce qui pourrait révéler des connaissances trop dangereuses selon elle.
Pour d'autres spécialistes, il s'agit d'un livre qui contient des savoirs provenant d'autres mondes, tant par la calligraphie que par son style de rédaction, ainsi que par les dessins sur des végétaux, animaux, cartes stellaires et sur la reproduction des humains.
Selon l'hypothèse récente de la chercheuse Edith Sherwood, il aurait pu être rédigé vers l'an 1460 par Léonard de Vinci, lorsque le génial savant et artiste n'aurait eu que huit ans ce qui expliquerait les erreurs les inexactitudes, et les dessins acceptables pour un enfant mais impensables pour un adulte.
Pour les sceptiques ce livre de deux cent trente cinq pages, ayant atteint une célébrité mondiale, due a ses gravures de plantes fantastiques, symboles zodiacaux et femmes nues, ainsi que ses caractères tracés avec une belle et intrigante écriture, toujours pas déchiffrés à ce jour ; est tout simplement une fraude ou une immense supercherie.
Cependant le mystère du manuscrit serait au point d'être résolu en Angleterre, grâce au travail de Gordon Rugg, professeur en Informatique et chercheur britannique qui a découvert un moyen de reproduire ces clés pour le décoder à partir de techniques du XVIème siècle.
Ce dernier pense être très près d'expliquer comment le livre a été rédigé, il a réussi à générer des textes similaires à celui contenu dans le livre, sans recourir aux techniques informatiques mais plutôt aux méthodes rudimentaires connues par Edward Kelley un fameux aventurier obscur artiste de l'époque Isabeline, lequel, selon Rugg, pourrait en être l'auteur.
Pour cela il a utilisé une quadrille de quarante files et trente neuf colonnes dont les lignes lui ont servi de guide pour dessiner les syllabes de Voynich. Ensuite il a superposé un carton de quatre fenêtres carrées en diagonal sur la quadrille et à commencé, à former des mots en unissant les syllabes qui restaient visibles a mesure qu'il déplaçait les fenêtres.
Le résultat obtenu montre une série de mots ayant la même trame que celles du livre, Rugg suggère maintenant d'insérer cette trame dans un ordinateur qui calculera tous les patrons existants dans le manuscrit.
Cependant ce ne sera malgré tout pas un argument valable pour affirmer la fraude (car si toutefois ce manuscrit vient d'une autre galaxie on peut supposer qu'ils étaient dotés d'ordinateurs également) et il ne pourra être prouvé scientifiquement que kelley en serait l'auteur.
Le mystère demeure car beaucoup de questions restent sans réponses.
Une autre supposition attribuerait l'écrit du manuscrit au penseur scientifique et alchimiste Roger Bacon au XIIIème siècle.
Ses indications paraissent faire état d'un traité d'alchimie dont le contenu codé est volontaire afin de maintenir un secret.
Il possède diverses sections qui semblent aborder la botanique (desseins de plantes non identifiées), l'astronomie (y figurent presque tous les signes zodiacaux), la biologie (incluant des images sur l'anatomie et la reproduction supposant même la maîtrise de l'insémination artificielle), de cosmologie et de pharmacologie.
En conclusion on pourrait se trouver devant un grimoire.
Les bassins et les tuyaux de la partie biologie semblent indiquer une relation avec l'alchimie.
Le manuscrit de Voynich pourrait être une recette médiévale pour créer la pierre philosophale, c'est-à-dire l'élixir de longue vie.
Les représentations sont explicites.
La réussite de l'élixir de longue vie dépend simultanément des fluides de jeunes vierges desquelles sont extraites les « humeurs vitales » les mélanges de sucs de plantes mystérieuses et la position des planètes.
De plus les pages sont numérotées en allemand et en un alphabet méconnu, a la fin du manuscrit on y trouve une annotation en caractères traditionnels qui peut être la clé de déchiffrage, mais on ignore si le livre est codé ou pas.
Nombreux sont ceux qui affirment avoir traduit le manuscrit, le linguiste W.Newbold affirme l'avoir déchiffré mais il s'est rétracté.
Pour Jacques Bergier, cet expert a préféré se taire face aux menaces reçues et la magnitude des connaissances contenues dans le livre.
Le manuscrit contiendrait des secrets si dangereux comme l'explosion finale des étoiles, les mécanismes des objets cosmiques..., il contiendrait des informations sur des sources énergétiques cent fois supérieures au nucléaire et si faciles d'utilisations qu'elles pouvaient être comprises par des hommes du XIIIème siècle, qu'il ne doit être laissé à la lecture publique.
Ce document contient les principales propriétés des langages naturels, mais représente certaines particularités qui peuvent être dues à certaines abréviations.
Il ne contient que très peu de corrections.
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